昨日、右上４番５番の虫歯治療に行ったのですが、根の治療の際に、針が上あごの骨の空洞部分に突き抜けてしまい、構造上仕方が無いと言われました。

今まで感じたことの無い、鼻の奥の骨にねじをねじ込まれるような痛みがあったのですが、
今は軽い頭痛がします。
このまま治療を続けてよいのでしょうか？

もし、お痛みがあるのであれば、抗生物質は飲んでいますか。
上の歯の４番目５番目は上顎洞の鼻の空洞に近いあるいは、歯の根が空洞に入っていることもあります。今回のことは起こる可能性があるのですが、感染だけに注意すれば根の治療に使用する針状の細い物で触っても、問題はないと思います。