お忙しい所宜しくお願いします。最近の事ですが、起床時より突然物を咬むと右下奥が痛みが出るよう（結構痛い、右下では噛めない）になったので歯医者さんを受診しました。右下奥は654とも銀の被せをしており神経も取ってあります。レントゲンで確認して頂いたら5番目の歯の根っこのスクリュウータイプの土台が根っこの内側の薄い部分に穿孔していて炎症がおこっている為と説明を受けました。3日間ほど抗生剤を飲んで様子をみて痛みが取れなければ、再度根の治療それでもダメなら抜歯と言われました。現状では少しずつではありますが痛みが治まってきていますが、依然として物は噛めません。もしこのまま痛みがなくなって以前の様に物が噛める様になっても根っこの内側の薄い部分に穿孔しているのであればまた再発
するのでしょうか？再発するのであれば今すぐにでも治療にかかった方が良いのでしょうか？御回答宜しくお願いします。

穿孔したままだと、再発する可能性は高いと思います。　
穿孔している場所が小さい場合にはを塞ぐ方法もあります。
大きい場合には抜くしかないと思います。
担当の先生にお尋ね下さい。