少し前から顎の付け根が痛みます。
起きて居る時はなんともないのに、夜横になると痛み出します。
痛みのところを触っても特に痛いわけではなく
歯が痛いという感じでもなく、痛みが出たり治ったりするので
何が原因なのかが解りません。
口を大きく開けても痛くは無いので顎関節では無いと思います。
他の病気で顎が痛くなる病気はあるのでしょうか？

お口の中を拝見していないので、正確なお答えはできませんが、考えられとすれば、歯の根に病気を待った可能性があります。なるべく早く歯科を受診されてください。