詰め物が取れて歯科医院に通院している時に事故で入院することになり、治療が一年ほど中断されてしまいました。その間仮の詰め物などはしておらず、空洞になった部分には茶色の虫歯のような染みがいくつか出来ました。先日、ようやく歯科医院(中断前と同じ医院です)に行くことができ、型を取り直して詰め物をしたのですが、その茶色の部分を削るなどの処置はして貰っていません。そのまま銀色の詰め物を詰められてしまいました。その歯のかみ合わせには問題を感じないものの、噛み締めると時々ほんの少しだけ痛みを感じることがあります。こういう処置は一般的なものなのでしょうか。もしこの歯の処置をやり直して欲しい場合、再度型を取るなどの費用はこちらが支払うべきなのでしょうか。

茶色の部分が虫歯かどうかが問題だと思います。色がついているだけで虫歯かどうかの判断はできません。
１）その部分を触って診査する。２）虫歯検知液で染め出す。３）ダイアグノスデント（虫歯を計測する機械）で計測する。
一般的に虫歯を判断する時には３つの方法で診断します。
やり直したい時には、担当の先生にご相談されてください。特に料金については歯科医院によって、対応が異なると思います。