虫歯が何本かあるようだったので、まずはそれを治療してもらい、その後に歯磨きが行き届かない親知らずの抜歯をしてもらうつもりでした。

が、奥歯を治療した後、歯の痛みと頭痛が続いたので、相談したところ、治療した歯のすぐ奥にある親知らず（虫歯になっていたようです）が、刺激されて痛むのではないかということになり、先にその親知らずを抜いてもらいました。

抜糸をすれば次の歯の治療を始めるのかと思っていましたが、抜いた所が穴になっているので、そこが落ち着いたら連絡をください、と言われました。目安としては２〜３ヶ月後とのこと。

初診の際に親知らずの抜歯について話を聞いたときには、「親知らずを１本抜いて、１週間後に糸を抜き、その抜糸の日に状態がよければ次の１本を抜くこともできる」という説明だったので、抜歯後、すぐに治療を再開するつもりで、痛みのある歯を後回しにするよりも先に抜いてしまった方が良いかと思い、抜歯をお願いしたのです。

虫歯があるとわかっているのに、治療をせず２〜３ヶ月もこのままの状態でおくというのが気になって仕方がありません。

なるべく早く治療を済ませたいと思っているのですが、やはり抜歯後の穴がふさがるまでこのまま待っていたほうがよいのでしょうか。

現在通院している歯科医は、作業が丁寧なのはわかるのですが、治療についての説明が全くなく、期間や計画など、こちらから積極的に聞かないと何も知ることができません。
既述の奥歯についても、詰め物が古いので、新しく作り変えただけかと思っていたら、中が虫歯になっていたとのことで、神経も抜いてしまったんだそうです。後に歯が痛み出した時に初めて知りました。

親知らずを抜く際も、事前に治療が中断することを説明されていれば、虫歯の治療を先にしたいと伝えることもできたのですが・・・。

抜歯から約２週間が経過したところですが、今の状態でも虫歯の治療が可能かどうか、ご意見をいただければ幸いです。
ちなみに虫歯になっているのは、抜歯箇所からは離れたものばかりです。

文章が長くなりましたが、よろしくお願いいたします。

抜いた歯がブリッジや入れ歯などになる場合には、１〜２カ月ほど歯肉の治りを待つことがあります。
抜いて直ぐだと口が開けにくいので、２週間ほど待ってから治療する場合もあります。

離れている場合には、もう治療できると思います。
ただ担当の先生にも考えがあり、そうしているのかもしれませんので、先生に相談されることをお勧めします。