根管治療を開始し２回目になります。初回は神経を取り除き詰め物をしました。昨日、２回目の受診で残りの神経をかき出した後レントゲンもとりました。多分神経の粕を取り除く道具（細い針の様な物で先端部分がやや三角形の様な形状）だと思うのですが先生がその小さな道具を床に落としてしまった様で、それを歯科衛生士の方が拾いそのまま使用されてしました。素人目からみても多くの患者さんの唾液やら血液がちび散っている床に落とした物は明らかに不潔だと思うのですがそのまま私の歯の根管に入れてしましたのです。かなりびっくりしてしまいましたがその場では冷静に考える事もできず又、言う事もできず帰宅し心配になってきました。感染症の問題です。こういった場合可能性はあると思うのですが細菌やウイルスが根管に入ってしまった状態で、根管に芯（ポスト）をたてて土台をしゴム素材の物でかぶせた場合、どういった症状が出てくる可能性がありますか？次回は詰め物の型をとるそうです。信用ができないので病院を変えたい気持ちです。

お気持ちは、よく分かります。
ご自身で信頼の置ける病院を選択されると良いと思います。
根の治療で感染すると、根の先の歯茎が腫れるなどの症状が考えられます。
ただ道具を使用した最後に根管の中を消毒するのが、通例ですのであまり心配されなくてもいいとは思います。