はじめまして。５歳の男の子のことですが、少し前から上の前歯二本が茶色くなり、歯みがきをしても色が落ちなくなっています。フッ素添布のすぐ後から茶色く色がついた気がするのですが、何か関係があるのでしょうか。それとも虫歯なのでしょうか。よろしくお願いします。

フッ素塗布により茶色に着色することはないと思います。
乳歯の場合には歯の着色が見られることがあります。
塗布された歯科医院へ行かれて、相談されてはいかがでしょうか。