歯周病の治療で薬をつけ始めてから、歯茎の痛みが出てきて、噛み合わせが変わってしまいました。今では歯全体に動揺がみられます。特に奥歯の動揺が増しています。これは、噛み合わせが悪くなったのが原因でしょうか？また、薬が合わずに炎症が起きて、歯がぐらぐらするということはありますか？

合わない薬をつけたことが歯の動揺の直接の原因ではなく、何十年もかけてゆっくり進行してきた歯周炎によって歯を支える歯槽骨が破壊されていることが大きな原因であると考えられます。
歯周炎による歯の動揺によって噛み合わせがさらに悪くなることもあります。

専門医による根本的な歯周病の専門治療を受けられたほうが宜しいでしょう。