奥歯の神経を抜いて、薬か何か詰め物をしたところが、ずれたか、分岐したのか、化膿かなにか原因はわかりませんが、強く痛みます。あごの関節痛や、肩こりにも発展しているみたいです。一度大学病院に紹介してもらって行った時には、歯茎の腫れがそれほどひどくないので、手術してその部分を取り除くほどのことはないとのことで上から被せましたが、しばらくたつと痛みます。中を消毒して被せてまた痛くなって、中を消毒するというのを３回ほど繰り返しています。
治療としては、どういう選択肢があるのでしょうか？？

お口の中を拝見したわけではありませんので確実なお答えはできませんが、おそらくは神経が感染して、膿がたまっている状態だと推測されます。
膿がどんどんたまりますと、中で圧力が高まって痛みが出てきます。解放して圧力を抜きますと痛みは治まります。
もし神経が感染しているとしましたら、原因は中のよごれですから消毒をするという治療は一般的だと思われます。