装置を着けて３ヵ月になりますが、抜歯のため一旦ワイヤーを外しました。今外して２日目ですが、ワイヤーを着けた時のように歯が痛み出しました。外したのに痛いということはあるのでしょうか？？

ワイヤーをはずした後に、歯が痛くなる事は矯正治療上考えづらいです。
他に原因があると思われます。