神経を抜く治療の時の麻酔あとが腫れて紫色だったのが黄色くなってきました。イソジンでうがいをしてますが、コウセイブシツをのんでもいいのでしょうか？まだ根の治療中です。

患部が黄色くなってきたのは治ってきている証拠だと思います。
抗生物質を飲んでもいいかどうかは実際に根の治療を行なっている歯科医の指示を仰いでください。
（ネット上では法律上診断は行なえず投薬の指示も出来ません）担当医によくご相談下さい。