左上の親不知だけ生えています。完全に出ていると思いますが、かなり大きくて少し外向き(頬側)に生えています。噛み合わせが悪いと感じることはなく、痛みもないのですが、最近左顎が「クキッ」っと音がします。生え始めた１年前くらいからのような気がします。大きな口も開きますし痛みもありませんが音が気になって仕方ありません。額関節症なんでしょうか？親不知が原因でしょうか？抜いた方がいいですか？同じ頃から左の首から肩にかけての異常なコリが治りません。親不知を抜いて悪化することはありませんか？

顎関節症の可能性があります。
親知らずが直接の原因かどうかは実際に拝見しておりませんので分かりませんが、その可能性も否定できないと思います。
一般的に同様のケースで親知らずを抜歯して改善はしても悪化することはありません。
早急に歯科医院を受診して適切に診断・治療（抜歯？）していただくことをお勧めいたします。