虫歯になり、歯科医を探し先日から通い始めています。そこの先生はとてもいい人で、今まで通った歯医者で一番充分な説明をしてくれるし、私の話も良く聞いてくださり、客観的に見て腕もよさそうだし、なかなか良い先生なのですが、病院が不潔そうで院内感染が心配になってきました。

素手での診察、ねぐせのついた長髪、診察台もなんか臭うし、寛大な性格らしく事務も会計も全ての仕事を一人でされています（受付係すらいません）。

人間的にはすごく良い人のようで、治療にも不満はないのですがそのような経緯から「本当にここは大丈夫なの？使用後の器具は高温消毒できてるの？」と、心配になってきています。
まだ治療は神経を抜いた段階で終わっていません。
念のため転院したほうが良いのでしょうか？
それとも治療中の歯はきっちりとその先生にお任せしたほうがよいでしょうか？
私の取り越し苦労でしょうか？

器具の消毒等について一度先生に質問してみてはいかがですか？
それでもし納得できる返答が帰ってこない場合は医院を変えられても宜しいのでは・・・。
院内の衛生管理はとても重要な問題であると考えます。