奥歯を強く噛み締めると、歯茎の奥（根のあたりだと思います）の部分にずんとした痛みを感じるようになりました。歯医者で何度か見てもらったのですが、虫歯はどこにもないと言われ、原因が分かりません。
実際噛み締めない限りは痛みはなく、冷たいものがしみる等ということもありませんが、その日の体調によって痛みに違いがあったりするので気になります。

申し訳ありませんが文面だけでは全くわかりません。
担当医から大学病院へ紹介していただき、総合的に検査してみてはいかがでしょうか？