根の治療に半年以上かかっているのは、掛かりすぎだとは思います。
ただ希にこうしたことも、起こる場合もあります。
お口の中を拝見しておりませんので、何とも言えません。
切開をしたのは、対症療法ですから一時的に痛みを取ることはできますが、原因の除去しているわけではありません。
担当の先生にご相談してみては、いかがでしょうか。