今日歯医者に行き、虫歯で削ったところに銀の詰め物を入れました。
軽く物を噛む場合は痛みはないのですが、強く物を噛むと痛みがあります。
これは噛み合わせの問題なのでしょうか？
それとも詰め物が神経にふれて痛みがでるのでしょうか？

どちらの可能性も考えられますが、まだ入れたばかりなので一時的な知覚過敏の症状かもしれません。
１週間ほど様子を見られてから担当医にご相談するほうがよろしいかと思います。