最寄の歯科に行ってきたのですが、
虫歯が神経近くまで進行していまして、
注射で菌を抜くか、神経抜くか　と言われたのですが、
やはり この両者とも痛みを伴う治療になりますよね？
他に何か方法はないのでしょうか？

よろしくお願い致します。

神経を抜くということは理解できますが、注射で菌を抜くというのは良くわかりません。神経を抜く場合通常は麻酔下にて行いますので痛むことはないと思います。ただし何もしなくても痛みがないのでしたら神経を残せる可能性もありますので担当の先生とよくご相談されてください。