本日、治療を受けたのですが奥歯の下に膿が溜まっているとの事でかぶせてある金属を取り調べてもらいました。
膿の状態は想像以上にひどかったそうです。
担当医が言うには、以前通院していた所で菌が感染した可能性が高いとの事です。
この場合、以前通院していた歯科医院の腕が悪かったと泣き寝入りするしかないのでしょうか？

以前の歯科医院で院内感染した可能性はゼロではないですが少ないのではないでしょうか。もしそうだとしてもそれを証明するのは難しいのではないでしょうか。院内感染ではなく神経の治療がうまくいかなかった可能性はありますが、実際に拝見しておりませんのでお答えしかねます。（神経の治療は難しいものです）