左上奥から２番目の歯を抜歯しました。その時、穿孔があり抜歯した歯の根元が中に入ってしまったそうです。（医師から説明がありました）口腔外科のある病院を紹介され、受診したところ入院して切開し手術することになりました。このようなことは防ぎようがないのでしょうか？治療費もかなりになりそうです。

その部位の歯の根が上顎洞と交通していることは良くあることです。抜歯にはかなりの注意をしているとは思いますが偶発的にそのようなことが起こることもあるようです。