５年まえくらいの治療だと水銀アマルガムを使用してる可能性はありますか？その治療後、掌蹠膿疱症を発症したので心配になりました。
また　水銀アマルガムしないで治療した場合も普通の治療と同様に保険が適用されますか？

可能性があるかどうかは分かりません。
治療した医院でアマルガム合金を取り扱っていたのか直接聞いてみて下さい。
掌蹠膿疱症が歯科金属によって生じる可能性は報告されていますが、アマルガムだけでなくそれ以外の保険の金属に含まれる卑金属（銀、銅、スズ、パラジウム等）も原因の一つと考えられていますので、皮膚科で歯科金属のアレルギーテストを行い、その結果を持参して歯科を受診されてはいかがかと思います。
その他治療法や費用については直接歯科でお尋ね下さい。