根管治療中で現在コアまで入っています。薬の交換後や最終的な薬を入れた際も処置後にかならず頬のつっぱり、違和感が出て２週間ほど様子をみると徐々に治まってきます。レントゲン上では神経管も綺麗になっているのですが処置の度に痛みが出現するのは、歯根膜の炎症が完全に治まってないのでしょうか？神経をとってもらう際、医師がファイルを動かし掃除をしている最中、歯科助手が話しかけ手を止めずに治療患部から目を離している状態にもかかわらずファイルを動かしていました。その際、普通に感じる痛みとはかけ離れた激痛が走りました。そのひどい手技による刺激で歯根膜にかなりの損傷が出来てしまい治らないのではないかと思っています。仮にこの様ないい加減な処置による歯根膜の損傷だった場合でも薬を入れる期間が２週間と言うのは短い様な気もしますが、どうでしょうか？
元々、感染根管でもなく神経ギリギリまで達してない虫歯だったのですが治療により痛みが増してしまったので根管治療の運びとなった箇所です。

歯根膜の炎症が治まるのには個人差がありますが、おおむね数週間です。臨床症状（痛みや腫れなど）がなく、根管内がきちんと清掃されていれば薬をつめても問題はありません。