右の７番目の歯を治療してもらい被せてもらいました。
治療中に右の8番目の内側が欠けて舌に当たり痛いので丸めてもらい、7番目の治療終了後に丸めた8番を治療するとの事でしたが、全体に削られ中を切り抜き、針の様なもので清掃してもらったのですが、その日の夕食を食べてるときに違和感を感じ、押すと痛みを感じるようなりました。

さらに翌日は顎、首、頭の方まで痛くなり、日曜日だったので翌日月曜日まで一睡も出来ない状態で待ち急遽同じ病院で見てもらい、ドリルで削ったのですが痛みはなく、鎮痛剤をもらい収まったのですが薬が切れると再び痛み出すの繰り返しです。
先生は元々巣を作っていたのを針で突っついたので慢性状態だったのが活動しだしたという説明で、顎関節症ではないとの事でした。

この痛みがどこまで続くのか不安で奥歯を噛むことも出来ない状態です。(治療前は飴もガリガリ噛んでいたのですが）。
単に穴を開けた刺激でそうなっているのか他の病気の可能性があるのかアドバイス願います。
又、今回の治療方法も疑問なので他の病院に変えた方かいいかも臥せてアドバイス願います。

内容を読んだだけでは、何ともお答えできません。
歯を削って痛いなら、水が凍みるなどの温度の刺激に反応すると思います。
もう一度、担当の先生に説明していただくか、セカンドオピニオンで他の先生に診ていただくと良いと思います。

水では染みないのですが、鎮痛剤がないと歯、顎と頭まで痛い状況です。いろいろネットを見てわかったのですが、針は根管治療のようですが、今回のようになることは多いのでしょうか？
又、痛みがなくなるまでどのくらいかかるのでしょうか？