上の前歯の裏が１２年程前に虫歯になり，神経まであとわずかというところまで虫歯が進んでいたのですが，なんとかその時は，神経を残すことができました。ところが，先日上記の処置をしてもらった歯科医院さんに行って，検診をしてもらったところ，「１２年前に治療した前歯の神経が死んでしまっている。神経の寸前まで削ってあったから，神経が持たずに徐々に死んでしまったのだろう。」ということを言われました。しかも，その神経が自然死してしまった前歯が虫歯になっているということでした。それで，次回から神経を取って，きちんと処置をしていこう！ということになりました。一度処置して脆くなっている部分に，虫歯が再発して，神経を取り除く処置は，肉眼では見えにくい部分の菌を全部取り除いたり，処置をするので，再発しないような処置をするのはなかなか難しいというのをネットで見たことがあります。再発が怖いので，なるべく再発のパーセンテージが低くなればいいな！と思っています。どういった治療がベスト、もしくはベターなのですか？教えて下さい。

ご質問のように虫歯が深い場合、後から神経が死んでしまうことがあります。
この場合のベストな治療方針としては、やはり歯の裏側から小さな穴を開け、死んでしまった神経を取り除くことが必要です。
これを　感染根管治療　と言います。
神経が死んでしまうと歯の根の中で膿となってしまいます。
感染根管治療により、１００％膿を取り除くことは不可能ですが、極力膿を取り除くことによりその後の再発を最小限にできます。
その際に無菌的に治療を行うことが最大のポイントになります。

死んでしまった神経の治療でベストな方法は、新たな感染を起こさないように注意しながら感染根管治療を行うことです。