虫歯治療と歯石取りを行うことになっています。
この場合、虫歯治療が全て終わってから歯石取りでも良いのでしょうか？

先日、麻酔をして虫歯治療をしました。
翌日から胃の調子が悪くムカムカしている状態です。
麻酔は関係ないでしょうか？

歯石取りと治療は、その状況、医院の方針によりその順番は異なります。
麻酔と胃の調子とは無関係でしょう。