親知らずの神経治療（半年前に神経を抜きました）後も、痛みます。特にかむときに痛むので咬合治療を２回実施しましたが、未だ痛みます。特に朝食時に痛み、昼、夕と徐々に痛みが少なくなりその繰り返しです。最初の治療から３年程度たっており、今治療を受けている先生からは、抜くしかないと言われていますが、直る見込みは無いでしょうか？

　根の治療で治ることなら残せる可能性はあります。歯の周りの組織（歯肉や骨）の問題では、残せない可能性があります。
申し訳わけございませんが、文章からだけでは歯を残せるかどうかは判断できません。担当の先生に説明していただき残せるように努力していただくと良いと思います。