折れたファイルの上から根充してあり、現在右下５番の根尖部の歯肉に膿瘍があります。折れたファイルのせいで感染を防げなかったように思います。折れたファイルを除去してもう一度根幹治療をしてもらうと、痛み、膿瘍は消えるでしょうか。　
　

お痛みの直接の原因は折れたファイルではなく、ファイルがある事によってとりきれなかった感染した部分が存在するためと考えられます。
なのでファイルを除去して再根管治療をしっかり行えば、治癒する可能性は高いと思われます。
ただし、歯根に亀裂が入っているような場合は残念ながら治癒が難しい場合もあります。
今後の治療については、医師とよくご相談されて決められるのが宜しいかと思います。