私は、１０年くらい前にかなりの頭痛が半年くらい毎日治まらず様々な病院に行き精密検査等(ＭＲＩ１０回くらいやった)をやりましたが原因不明で、結局その後歯の神経を抜いたら頭痛が治ったという経験があります。根の治療の時は麻酔が効かないくらい痛かったです。

その後も、体のしびれや肩コリなど原因不明の病気もありましたが全て神経を取れば治りった事から、体の変調があると歯を疑う事が多くなりました。

現在も体のしびれがあり、歯の治療をしてもらっています(まだ様子見の段階)が、体の変調がある時にそれが歯が原因であると断定できるような診断とかは歯科や口腔外科では出来ないのでしょうか？

また、現在治療中の歯は虫歯ではないですが、食べ残しのカスが固まっててるから痛いんではないかと歯医者さんが言ってますが、虫歯でないのに根の治療をする事はありますか？

体の変調が歯が原因であると断定できる診断は管理難しいと思います。
大学病院にもその様な外来は存在しないのでは無いかと思います。

虫歯で無いのに歯の根の治療をすることはありますか？というご質問ですが、歯の根の治療を虫歯でも無い歯に行うことはありません。ただし、歯の周囲に食べ残しがこびりついている様な場合は、その周辺をクリーニングすることはございます。