前歯の差し歯の所に嚢胞ができ、
歯科医院で差し歯が太く長い為大学病院での手術を勧められ切除
その後、歯茎の調子が悪く、(触っても感覚が無い、切った所が硬く腫れている、違和感が取れ無い)など
大学病院では時間が経てば治るのとの事
その後、紹介した歯科医に戻り、差し歯を取り根管治療をしましたが
これ以上は出来ないと治療終了
ですが、歯茎の状態は回復せず。
私がこのまま我慢する以外は無いのでしょうか？

大変お困りの様ですね。
歯根嚢胞は非常に治りにくい病気です。
治癒に数年かかることも珍しくありません。
大学病院の先生が仰った様に時間が経てば治るかもしれませんし、予後不良のまま経過するかもしれません。
　歯の根の治療を「歯内療法」と言いますが、歯内療法をご専門にされている歯科医師に相談なさるのも宜しいかと思います。