年に数回耳の辺が痛くなります。その症状がある時は決まって頭痛、首から肩のコリ、眼精疲労、軽いめまいも併発します。耳が痛いからと耳鼻科を受診しても特に問題はないと言われます。
私は噛み合わせが上下逆なのでそれが原因でしょうか？(下の歯が前に出ています。)口を大きく開ける時にカコッと音がなります。辛いです。

　耳の痛みで耳鼻科を受診され特に問題がないとの診断であれば、噛み合わせ問題からくる耳の痛みを疑うのも宜しいかと思います。
　反対咬合（上下が逆の噛み合わせ）は直接の原因では有りませんが、精査の必要はあると思います。
　噛み合わせを専門とする歯科医師か歯科のある大学病院病院を受診されると宜しいかと思います。