右上の奥歯が冷たいものが当たると痛み、手鏡で見るとやや黒い小さな点のようなものが見えます。(２年前くらいに虫歯になり、詰め物で治療した歯です)
一週間ほど前まで別の虫歯治療のため歯医者に通っており、この痛みを相談したのですが、「異常はない。黒い点は汚れだろう」と言われました(何度歯磨きしても落ちないので汚れではないと思います)。
とりあえず様子を見るということになりましたが、不安です。
レントゲンを撮ると「詰め物と歯の間にやや隙間ができている」と言われたのですが、痛みと関係あるのでしょうか？
それと、もう一度診てもらうべきでしょうか？

痛みがありご不安のことと思います。
レントゲンの状態や口腔内をみていないので虫歯であるかどうかの判断はできませんが、冷たいのので痛みがあるとすると２つのことが考えられます。
一つは虫歯です。
もう一つは知覚過敏症です。
どちらで症状が起こっているのかは、口腔内の状況やレントゲンで判断することになります。
また黒い点があるとのことですが、虫歯の可能性もありますし、受診された先生のおっしゃるように汚れの可能性もあります。
また以前詰めた物が樹脂のような白い素材の場合には、樹脂自体が変色したり、樹脂と歯の境目に色素が着色した可能性もあります。
痛みがあるようですので、再度歯科医院を受診し、調べていただいた方が良いでしょう。