前々からかぶせ物をした歯の上の歯茎に水ぶくれのようなものができてたので、かぶせ物を除去して根っこの治療をしました。その後、再度土台を作っていただきかぶせ物をしたのですが、サクサクした食べ物や硬いものを食べるとキーンと痛みます。歯医者さんは噛みあわせを調節しましたが、少しは改善されたもののまだ痛みます。また、かぶせ物をした歯の左右の歯間に物がつまり、何度もフロスを通さないとなかなか取れません。さらに、噛み合せの調節をする際に、新しく被せた歯を削るだけでなく、下の歯（詰め物済み）を削るので、下の歯に何か影響がでないかと、不安だし疑問に思います。どうしたらいいんでしょうか。

健康な歯は、出来るだけ削らない方が、良いにこしたことはないと思います。
噛み合わせが高くて、痛みの症状が出るのであれば、出来るだけ金属の方で調整した方がよいと思います。
ケースによっては、エナメル質であれば、わずかに調整することもあります。